冷战期间，位于菩提树下大街的原柏林大学划归东柏林，受以苏联为首的社会主义阵营管治。为了追求学术自由，原柏林大学的部分师生出走，在美英法等西方阵营的支持下在西柏林成立了"自由的柏林大学"，即柏林自由大学，到了五十年代以其人文社科研究蜚声欧美，成为西德学术重镇。柏林自由大学历史上共有五名校友获得过诺贝尔奖，分别是赫塔米勒（2009年诺贝尔文学奖）、格哈德埃特尔（2007年诺贝尔化学奖）、大江健三郎（1994年诺贝尔文学奖）、莱因哈德泽尔腾（1994年诺贝尔经济学奖）、恩斯特路斯卡（1986年诺贝尔物理学奖）。

       自由大学自建校以来保持广泛的对外交流合作关系。在上世纪五十年代就和美国知名高校机构（包括加州大学伯克利分校、加州大学洛杉矶分校、康奈尔大学、斯坦福大学、杜克大学、普林斯顿大学、耶鲁大学、哥伦比亚大学和芝加哥大学）和西欧知名高校机构（包括牛津大学、剑桥大学、伦敦大学学院和巴黎高等师范学院）建立了合作伙伴关系。七十年代开始与东欧大学有了交流合作，到后来进一步和全球范围多所高校机构建立合作伙伴关系，其中包括加拿大的麦吉尔大学、约克大学和阿尔伯塔大学，韩国的高丽大学、延世大学和首尔大学，以及日本的东京大学、早稻田大学、京都大学和名古屋大学等。2008年自由大学新成立的国际合作中心(CIC)作为大学国际交流网络的一部分，旨在加强和拓展与合作伙伴在国际项目的合作以及学术交流。